Der Abstand zwischen Geschlechtsöffnung und After ist bei der männlichen Farbmaus deutlich größer als beim Weibchen. Bei geschlechtsreifen, unkastrierten Männchen sind die Hoden normalerweise gut zu erkennen. Allerdings können unterdrückte und/oder gestresste Männchen die Hoden auch einziehen.

Farbmäuse sind sehr gesellig und bilden komplexe Sozialstrukturen aus. Sie dürfen daher niemals einzeln gehalten werden. Neben der Haltung im Harem (ein kastriertes Männchen mit mehreren Weibchen), harmonieren auch reine Weibchengruppen. Reine Männchengruppen sind aufgrund des starken Geruchs und der Gefahr von Rangordnungskämpfen meist ungeeignet. Die Integration neuer Tiere in eine bestehende Gruppe gestaltet sich teilweise schwierig.

Farbmäuse zeigen kurze Aktivitätsphasen rund um die Uhr. Die neugierigen Tiere erkunden dabei immer wieder intensiv ihr Revier. Diesen Phasen folgen dann ausgiebige Schlaf- und Kuschelphasen in den selbstgebauten Nestern. Die Nester dienen dabei nicht nur als Ruheort, sondern spielen auch bei der Regulation der Körpertemperatur eine wichtige Rolle.

Für eine kleine Gruppe von 4 bis 5 Farbmäusen eignet sich ein Gitterkäfig ab 80 x 50 x 80 cm (Länge x Breite x Höhe), besser größer. Die Gitter- oder Maschenweiten sollten dabei einen Abstand von ca. 0,8 cm nicht überschreiten. Aquarien oder Terrarien sind nicht geeignet, da die Tiere sehr empfindlich auf schlechte Belüftung und dabei entstehende Schadgase (Ammoniak) sowie erhöhte Luftfeuchtigkeit reagieren.

Der Käfig sollte an einem möglichst ruhigen Ort, ohne Zugluft und direkte Sonneneinstrahlung, stehen. Eine erhöhte Aufstellung des Käfigs erleichtert die Beschäftigung mit den Mäusen und schützt sie vor anderen Haustieren. Die Temperaturen sollten zwischen 18 und 26 °C liegen. Farbmäuse reagieren besonders empfindlich auf hohe Temperaturen und plötzliche Temperaturschwankungen sowie zu hohe Luftfeuchtigkeit.

Die Einstreuhöhe sollte mindestens 10 cm betragen. Geeignet ist staubarme Kleintierstreu, die mit Heu und Stroh vermischt werden kann. Die Einrichtung muss für die kletterfreudigen Tiere dreidimensional gestaltet sein und die ganze Höhe des Käfigs einbeziehen. Hierfür eignen sich erhöhte Ebenen, Leitern, Kletterstangen, Seile, Schaukeln und vielfältige Versteckmöglichkeiten (Häuschen, Röhren). Als weitere Beschäftigungs- und Nagematerialien können Naturäste (keine Nadelhölzer), Papierrollen, unbedrucktes Papier und Karton Verwendung finden. Zellstoff oder Heu nehmen die Mäuse gerne für den Nestbau an. Auch ein halbseitig geschlossenes, tierschutzgerechtes Laufrad und ein Sandbad werden gerne genutzt. Für das Laufrad wird ein Durchmesser von mindestens 28 cm empfohlen. Gegenstände aus Plastik sind nicht geeignet!

Abwechslung ist für die intelligenten Tiere extrem wichtig! Um den Erkundungstrieb der kleinen Nager zufrieden zu stellen, empfiehlt es sich, die Grundeinrichtung des Käfigs beizubehalten, Einrichtungsgegenstände (Äste, Kartons, Röhren etc.) aber immer wieder auszutauschen sowie kleine Leckerbissen zu verstecken.

Futter- und Wassergefäße sowie das Sandbad können auf einer erhöhten Ebene standsicher angeboten werden. Schwere Einrichtungsgegenstände sollten direkt auf der Bodenplatte aufgestellt werden, damit sie nicht untergraben werden können.

Laufräder mit offener Sprossenlauffläche, zu kleine oder achsseitig nicht geschlossene Laufräder sowie geschlossene (Plastik-) Käfige und durchsichtige Plastikröhren ohne ausreichende Belüftung gelten als tierschutzwidrig.

Farbmäuse fressen hauptsächlich Sämereien, Getreide, Gemüse, Früchte und Insekten. Als Hauptfutter sollte entsprechend täglich eine körnerreiche Trockenfuttermischung gegeben werden (ca. 1 Esslöffel pro Tier). Um Streitereien um Futter zu vermeiden, kann die Futterration auf mehrere Futternäpfe verteilt werden. Ihren Eiweißbedarf können die Mäuse durch Gabe kleiner Mengen getrockneter Insekten, Katzentrockenfutter, Milchprodukte oder hartgekochtes Ei decken. Abwechslungsreiches Frischfutter (z.B. Gemüse, Obst, Wiesenkräuter) muss täglich angeboten werden. Das Frischfutter sollte nicht zusammen mit dem Trockenfutter in einen Napf gelegt werden.

Sauberes Trinkwasser muss ebenfalls stets zur Verfügung stehen. Ölsaaten und Nüsse dürfen nur vereinzelt in sehr kleiner Menge gegeben werden. Zucker- und fetthaltige Leckerlis, wie Joghurtdrops, Nagergebäck und Ähnliches sind nicht zu empfehlen.

Farbmäuse haben einen starken Eigengeruch, da sie ihre Umgebung und das Futter u.a. mit Urin markieren. Futter- und Trinkwassergefäße sowie Kot- und Urinecken müssen daher täglich, das Gehege und die Einrichtung mindestens einmal wöchentlich gründlich gereinigt und ggf. desinfiziert werden. Dabei wird auch die komplette Einstreu erneuert. Da sich Mäuse stark über den Geruchssinn orientieren, kann nach der Reinigung ein kleiner Teil der alten Einstreu wieder in den Käfig zurückgegeben werden.

Der allgemeine Gesundheitszustand der Mäuse muss täglich, das Gewicht möglichst wöchentlich kontrolliert werden. Häufige Krankheitsanzeichen sind Gewichtsverlust, verändertes Fress- und Trinkverhalten, Haut- und Fellveränderungen, Schnupfensymptome, „rote Tränen“, Apathie sowie Durchfall. Bei Auffälligkeiten muss der Tierarzt hinzugezogen werden.

Mäuse sind sehr neugierige, aufgeweckte Tiere und werden recht schnell zahm, wenn man sich täglich mit ihnen beschäftigt. Dennoch benötigen sie zur Eingewöhnung in den ersten Tagen in ihrer neuen Umgebung viel Ruhe. Danach kann der Halter über Leckerbissen Kontakt zu den Tieren aufnehmen und ihr Vertrauen gewinnen. Ein kontrollierter Freilauf auf einem „Mäusetisch“ ist dann bei zahmen Exemplaren möglich. Hierzu wird der Tisch durch das Anbringen einer erhöhten Kante absturzsicher gemacht und mit einer Vielzahl an Spiel- und Versteckmöglichkeiten für die Mäuse interessant gestaltet.

Mäuse lassen sich aufnehmen, indem man mit beiden Händen eine Höhle bildet. Für aggressive Tiere empfiehlt sich zum Fang ein kleiner Transportbehälter. Am Schwanz sollten die Tiere weder festgehalten noch hochgehoben werden. Für Kinder sind Mäuse aufgrund ihrer geringen Größe und ihrer Schnelligkeit erst ab etwa 10 Jahren unter Anleitung der Eltern geeignet.