Kaiserfische können einen Geschlechtswechsel durchlaufen: Geschlechtsreife Kaiserfische sind stets zunächst Weibchen und können sich bei Bedarf später zu Männchen umwandeln. Männchen werden artabhängig etwas größer als Weibchen (Zwergkaiserfische) oder besitzen einen verlängerten Kiemendeckelstachel (Imperator-Kaiserfisch). Bei manchen Arten der Zwergkaiserfische soll auch ein Geschlechtswandel vom Männchen zurück zum Weibchen vorkommen.

Die tagaktiven Kaiserfische leben in der Natur paarweise oder im Haremsverband. Die Männchen besetzen feste Reviere, die gegen Geschlechtsgenossen verteidigt werden. Während eine Paarhaltung bei Zwergkaiserfischen im Aquarium meist problemlos gelingt, empfiehlt sich für die größeren Arten die Einzelhaltung.

Für die Haltung eines Paares der Zwergkaiserfische genügt ein Aquarium mit mindestens 500 l Inhalt. Für einen Kaiserfisch der größeren Arten sollte das Becken mindestens ein Volumen von 3.000 l besitzen. Die Aquarien sollten über einen gut strukturierten Riffaufbau verfügen, aber dennoch genügend freien Schwimmraum bieten. Eine Vergesellschaftung mit anderen friedlichen Fischarten ist meist problemlos möglich, lediglich neu eingesetzte Fische werden von manchen Exemplaren eine Zeitlang bedrängt.

Wasserwerte: Tropisches Meerwasser, 24 - 27 °C, (Salz)Dichte 1,022 - 1,025 (bei 25 °C).

Kaiserfische können im Aquarium mit Meeresalgen sowie tierischem Lebend- und Frostfutter (z. B. Mysis, Krill) ernährt werden und nehmen nach kurzer Eingewöhnung meist auch Flocken- und Granulatfutter an.

Meerwasseraquarien benötigen eine Einlaufphase, damit sich die für den Schadstoffabbau erforderlichen Bakterienkulturen entwickeln können, sowie eine technische Mindestausstattung. Hierzu zählen bspw. Strömungspumpen, sowie ein ausreichend dimensionierter Abschäumer und evtl. eine mechanische (Vor)Filterung (z. B. Filterwatte). Da die genannten Arten teils sehr empfänglich für Hautparasiten sind, empfiehlt sich eine Entkeimung des Wassers über eine UV-C Klärer.

Ein regelmäßiger, wöchentlicher Teilwasserwechsel von mindestens 10 % entfernt Schadstoffe, liefert Mineralien und Spurenelemente nach und erhöht das Wohlbefinden der Fische und Niederen Tiere. Beim Ansetzen des frischen Meerwassers ist darauf zu achten, dass sich das Salz komplett löst. Verdunstetes Wasser darf nur durch (entsalztes) Osmosewasser ersetzt werden! Der Abschäumer sollte regelmäßig kontrolliert, d. h. der Schaumtopf geleert und gesäubert werden. Auch die mechanischen Filtermedien sollten regelmäßig gereinigt oder ausgetauscht werden.

Die wichtigsten Wasserparameter – wie Temperatur, Nitrat, Phosphat und die Salzdichte – sollten regelmäßig selbst zu Hause, im Zoofachhandel oder durch einen fischkundigen Tierarzt kontrolliert werden. Insbesondere in der Einlaufphase und beim Auftreten von allgemeinen Problemen (z. B. Krankheiten) ist darüber hinaus auch die Messung von Ammonium- und Nitritgehalt erforderlich.

Der Gesundheitszustand der Tiere muss täglich, beispielsweise bei der Fütterung, kontrolliert werden. Häufige Krankheitsanzeichen bei Kaiserfischen sind Abmagerung, Flossenschäden, Hautveränderungen (Pünktchen, Beläge, rote Flecken), sowie verändertes Schwimmverhalten. Bei Auffälligkeiten muss ein fischkundiger Tierarzt hinzugezogen werden.

Zuhause angekommen, sollte zunächst die Beleuchtung im Aquarium ausgeschaltet werden. Für das anschließende Einsetzen von Meerwasserfischen gibt es verschiedene Möglichkeiten. Zum einen kann der Fischbeutel zur Temperaturangleichung für maximal 10 Minuten auf die Wasseroberfläche gelegt werden (Strömungspumpen beachten!); anschließend wird er geöffnet und alle 1 - 2 Minuten eine halbe Tasse Aquarienwasser zugegeben, bis der Beutel fast gefüllt ist. Danach wird ungefähr die Hälfte des Wassers aus dem Beutel entfernt und nochmals alle 1 - 2 Minuten eine ganze Tasse Aquarienwasser zugegeben. Ist der Beutel wieder fast gefüllt, sollten die Tiere am besten vorsichtig mit einem feinmaschigen Kescher oder einem Gefäß in das Aquarium gesetzt werden. WICHTIG: Das Transportwasser darf nicht in das Aquarium gelangen. Alternativ kann diese Angleichungsphase auch in einem dunklen Eimer durchgeführt werden.

Sind bereits revierbildende Fische im Aquarium, so können diese durch eine Fütterung von den Neuankömmlingen abgelenkt werden. Zur schonenden Eingewöhnung sollte das Licht bis zum nächsten Morgen ausgeschaltet bleiben.