Fahnenbarsche kommen stets als Weibchen zur Welt und machen im Laufe ihres Lebens ggf. eine Geschlechtsumwandlung zum Männchen durch. In jeder Gruppe gibt es nur ein (dominantes) Männchen; erst nach dessen Tod wandelt sich das stärkste Weibchen innerhalb weniger Tage zu einem Männchen um. Bei vielen Arten sind Männchen und Weibchen deutlich unterschiedlich gefärbt.

Fahnenbarsche leben in der Natur in großen Gruppen, die sich aus wenigen Männchen und vielen Weibchen (s. o.) zusammensetzen. Dabei kann das Harem eines Männchens aus bis zu 50 Weibchen bestehen. Auch im Aquarium sollte eine größere Gruppe gepflegt werden, die idealerweise aus Jungfischen aufgebaut wird, um zu vermeiden, dass sich zu viele Männchen im Schwarm befinden.

Fahnenbarsche sind meist tagaktiv.

Für eine Gruppe Fahnenbarsche (ab 5 Tieren) sollte das Aquarium mindestens 400 - 600 l Inhalt besitzen. Es sollte über einen gut strukturierten Riffaufbau verfügen, aber dennoch genügend freien Schwimmraum bieten. Eine Vergesellschaftung mit anderen friedlichen Fischarten ist meist problemlos möglich.

Wasserwerte: Tropisches Meerwasser, 24 - 27 °C, (Salz)Dichte 1,022 - 1,025 (bei 25 °C).

Fahnenbarsche sind Planktonfresser, die schnell kümmern, wenn täglich nicht mindestens drei oder mehr Fütterungen durchgeführt werden. Dies ist vor allem in den ersten Wochen der Eingewöhnung unabdingbar. Im Aquarium lassen sie sich mit kleineren Frostfuttersorten (z. B. Mysis, Cyclops, „Lobstereier“) ernähren. Flocken- oder Granulatfutter wird von den Fischen meist nicht angenommen. Wer die häufige Fütterung nicht gewährleisten kann, muss auf Fahnenbarsche verzichten.

Meerwasseraquarien benötigen eine Einlaufphase, damit sich die für den Schadstoffabbau erforderlichen Bakterienkulturen entwickeln können, sowie eine technische Mindestausstattung. Hierzu zählen beispielsweise Strömungspumpen, sowie ein ausreichend dimensionierter Abschäumer und evtl. eine mechanische (Vor)Filterung (z. B. Filterwatte) sowie ein UV-C Klärer. Der Abschäumer sollte regelmäßig kontrolliert, d. h. der Schaumtopf geleert und gesäubert werden. Auch die mechanischen Filtermedien sollten regelmäßig gereinigt oder ausgetauscht werden.

Ein regelmäßiger, wöchentlicher Teilwasserwechsel von mindestens 10 % entfernt Schadstoffe, liefert Mineralien und Spurenelemente nach und erhöht das Wohlbefinden der Fische und Niederen Tiere. Beim Ansetzen des frischen Meerwassers ist darauf zu achten, dass sich das Salz komplett löst. Verdunstetes Wasser darf nur durch (entsalztes) Osmosewasser ersetzt werden!

Die wichtigsten Wasserparameter – wie Temperatur, Nitrat, Phosphat und die Salzdichte – sollten regelmäßig selbst zu Hause, im Zoofachhandel oder durch einen fischkundigen Tierarzt kontrolliert werden.

Insbesondere in der Einlaufphase und beim Auftreten von allgemeinen Problemen (z. B. Krankheiten) ist darüber hinaus auch die Messung von Ammonium- und Nitritgehalt erforderlich.

Der Gesundheitszustand der Tiere muss täglich, bspw. bei der Fütterung, kontrolliert werden. Häufige Krankheitsanzeichen bei Fahnenbarschen sind Abmagerung, Flossenschäden, Hautveränderungen (Pünktchen, Beläge, rote Flecken), sowie hektische und unkoordinierte Bewegungen. Bei Auffälligkeiten muss ein fischkundiger Tierarzt hinzugezogen werden.

Zuhause angekommen, sollte zunächst die Beleuchtung im Aquarium ausgeschaltet werden. Für das anschließende Einsetzen von Meerwasserfischen gibt es verschiedene Möglichkeiten. Zum einen kann der Fischbeutel zur Temperaturangleichung für maximal 10 Minuten auf die Wasseroberfläche gelegt werden (Strömungspumpen beachten!); anschließend wird er geöffnet und alle 1 - 2 Minuten eine halbe Tasse Aquarienwasser zugegeben, bis der Beutel fast gefüllt ist. Danach wird ungefähr die Hälfte des Wassers aus dem Beutel entfernt und nochmals alle 1 - 2 Minuten eine ganze Tasse Aquarienwasser zugegeben. Ist der Beutel wieder fast gefüllt, sollten die Tiere am besten vorsichtig mit einem feinmaschigen Kescher oder einem Gefäß in das Aquarium gesetzt werden. WICHTIG: Das Transportwasser darf nicht in das Aquarium gelangen. Alternativ kann diese Angleichungsphase auch in einem dunklen Eimer durchgeführt werden.

Sind bereits revierbildende Fische im Aquarium, so können diese durch eine Fütterung von den Neuankömmlingen abgelenkt werden. Zur schonenden Eingewöhnung sollte das Licht bis zum nächsten Morgen ausgeschaltet bleiben.