Beim Weibchen liegen Harn-, Geschlechts- und Analöffnung dicht beieinander und bilden ein “Y“; beim Böckchen liegen Penis und Analbereich weiter auseinander und bilden ein „i“. Bei unkastrierten Böckchen sind zudem die Hoden deutlich ausgeprägt.

Meerschweinchen sind sehr soziale Tiere und dürfen niemals einzeln gehalten werden. Möglich ist eine paarweise Haltung, ideal sind jedoch Gruppen mit mehr als drei Tieren. Neben der Haltung eines oder mehrerer Weibchen mit einem (kastrierten) Männchen sind auch reine Weibchen- oder Böckchengruppen möglich. Die früher übliche Vergesellschaftung von Meerschweinchen und Kaninchen wird heute aus Tierschutzgründen strikt abgelehnt.

Meerschweinchen sind hauptsächlich tagaktiv.

Für zwei Tiere sollte die Gehegegröße mindestens 120 x 60 x 50 cm (Länge x Breite x Höhe) betragen, wobei für jedes weitere Tier die Grundfläche um mindestens 20 Prozent vergrößert werden sollte. Gut geeignet sind große Gitterkäfige oder besser Zimmergehege. Aquarien oder Terrarien sind nicht geeignet, da die Tiere sehr empfindlich auf schlechte Belüftung und dabei entstehende Schadgase (Ammoniak) sowie erhöhte Luftfeuchtigkeit reagieren.

Da Meerschweinchen leicht erschrecken, sollte das Gehege an einer möglichst ruhigen Stelle stehen. Die Temperaturen sollten zwischen 18 und 24 °C liegen. Meerschweinchen reagieren besonders empfindlich auf hohe Temperaturen (über 28 °C) und plötzliche Temperaturschwankungen sowie zu hohe Luftfeuchtigkeit.

Ausreichende Rückzugsmöglichkeiten (Meerschweinchen liegen gern allein) in Form von Unterschlüpfen und Holzhäuschen (jeweils mindestens eines pro Tier) mit Ein- und Ausgang sind wichtig. Auch Röhren, flache Rampen und erhöhte Ebenen werden gerne angenommen. Nagematerialien (z.B. Naturäste, keine Nadelhölzer) sorgen für Beschäftigung. Als Bodengrund eignet sich weiche, staubarme Kleintier- oder Hanfeinstreu.

Meerschweinchen haben ein hohes Bewegungsbedürfnis und brauchen täglichen Freilauf. Dabei müssen alle potenziellen Gefahrenquellen, wie beispielweise Elektrokabel, Zimmerpflanzen oder andere Haustiere, sowie das Nageverhalten der Tiere berücksichtigt werden.

Auch eine ganzjährige Außenhaltung ist möglich, wenn ein ausreichend großer, frostfreier Schutzraum vorhanden ist. Alternativ können die Tiere auch stundenweise in ein geschütztes Freilandgehege verbracht werden. Mindestens die Hälfte des Geheges muss im Schatten liegen und ausreichende Unterschlupfmöglichkeiten sowie Futter und Wasser zur Verfügung stehen. Sollen die Tiere auf einer Grasfläche gehalten werden, müssen sie vorher vorsichtig an dieses Futter gewöhnt werden.

Offene Heuraufen und Geschirre gelten als tierschutzwidrig.

Meerschweinchen sind reine Pflanzenfresser und besitzen einen komplexen Verdauungsapparat. Um Verdauungsprobleme zu vermeiden, müssen Meerschweinchen daher artgerecht ernährt werden. Am wichtigsten sind sauberes Trinkwasser und gutes Heu. Heu muss ständig in einer Futterraufe zur Verfügung stehen, da die Tiere im Tagesverlauf viele kleine Portionen fressen. Zusätzlich fördert es die Abnutzung der lebenslang nachwachsenden Zähne. Zu einer gesunden Ernährung gehört zudem mindestens zweimal täglich eine gemischte Portion Frischfutter aus Gräsern oder Wiesenkräutern; wenn diese nicht zur Verfügung stehen, können alternativ Salate, Paprika und andere Gemüse sowie geringen Mengen Obst angeboten werden. Mischfutter oder Pellets (beides möglichst getreide-, zucker- und kalziumarm) und andere Leckerbissen sollten nur in geringen Mengen (1 Essl. pro Tier und Tag) angeboten werden, um Übergewicht, Zahn- und Verdauungsprobleme zu verhindern. Unbekannte Futtermittel dürfen anfänglich nur in geringen Mengen gefüttert werden, damit keine Verdauungsstörungen entstehen. Dies gilt insbesondere für frisches Gras beim Eingewöhnen in die Außenhaltung. Da Meerschweinchen kein Vitamin C bilden können, kann neben Frischfutter bei Bedarf auch eine ergänzende Gabe von Vitamin C sinnvoll sein.

Futter- und Trinkwassergefäße sowie Kot- und Urinecken müssen täglich, das Gehege und die Einrichtung mindestens einmal wöchentlich gründlich gereinigt und ggf. desinfiziert werden.

Der allgemeine Gesundheitszustand der Tiere muss täglich, Gewicht, Fell, Krallen und Fußsohlen, Schneidezähne und die Afterregion mindestens einmal wöchentlich (bei Außenhaltung täglich) kontrolliert werden. Häufige Krankheitsanzeichen bei Meerschweinchen sind Futterverweigerung, Gewichtsverlust, Haut- und Fellveränderungen, Durchfall und Aufblähungen. Bei Auffälligkeiten muss der Tierarzt hinzugezogen werden.

Zu lange Krallen sind zu kürzen. Eventuelle Korrekturen der Zähne darf nur der Tierarzt durchführen. Langhaarmeerschweinchen benötigen eine regelmäßige Fellpflege.

Achtung: Meerschweinchen können Hautpilze übertragen. Gründliches Händewaschen nach jedem Kontakt schützt.

Meerschweinchen sind von Natur aus scheu und benötigen viel Geduld, um zahm zu werden. In den ersten Tagen benötigen sie daher viel Ruhe, um sich an ihre neue Umgebung zu gewöhnen. Durch Gabe von kleinen Futtermengen aus der Hand kann der Halter dann das Vertrauen der Tiere gewinnen. Ob sich die Tiere wohl fühlen, kann man an der „Sprache“ der Meerschweinchen erkennen, wobei hohes Pfeifen ein Zeichen für Aufregung ist (Stress, Angst, Futter), tiefes „Glucksen“ hingegen auf Zufriedenheit hindeutet.

Das Stillhalten von Meerschweinchen wird häufig als Zahmheit fehlgedeutet, stellt jedoch vielfach eine ausgeprägte Schreck- und Angstreaktion dar. Zum Hochheben hält man die Tiere mit einer Hand vorsichtig unter dem Brustkorb, während die zweite Hand am Hinterteil unterstützt. Die Tiere sind für Kinder ab 8 Jahren unter Aufsicht der Eltern geeignet.